Program Studi Teknik Manufaktur didirikan pada tahun ajaran 1993/1994. Pendirian program studi ini sebelumnya didahului dengan pengadaan laboratorium penunjang. Laboratorium ini meliputi Laboratorium Proses Manufaktur yang dilengkapi dengan mesin-mesin produksi, Laboratorium Mesin CNC berisi tiga mesin produksi otomatis yang dikendalikan komputer,dan Laboratorium Perancangan dan Manufaktur Berbantuan Komputer (CAD/CAM) berisikan komputer dengan program perancangan dan manufaktur. Sejalan dengan pertumbuhannya, pada tahun 2000 Program Studi Teknik Manufaktur Mendapatkan Status Akreditasi yang pertama dengan perinkat B dengan SK No:012/BAN-PT/Ak-IV/VI/2000.

Sampai saat ini, program studi ini menghasilkan 129 lulusan yang tersebar di dunia industri dengan beragam profesi. Dua diantaranya adalah wisudawan teladan Fakultas Teknik Universitas Surabaya. Di dunia industri alumni manufaktur diterima secara luas. Berdasarkan data alumni yang ada, tercatat lulusan Teknik Manufaktur Ubaya membutuhkan rata-rata kurang dari satu bulan setelah lulus untukmendapatkan pekerjaan pertamanya.